“Moğol” üçlemesinin ilk filmi olan CENGİZ HAN, genç Timuçin’in savaşarak esaretten kurtuluşunu ve dünyanın yarısını ele geçiren uçsuz bucaksız Moğol İmparatorluğu’nun kurucusu olan Cengiz Han ünvanına sahip oluşunu konu alıyor.
Esugei Kağan dokuz yaşındaki oğlu Timuçin ile Moğol bozkırlarında Merkit boyuna gelin seçmeye giderler. Böylece Esugei Kağan Merkitlerle yıllarca süren düşmanlığa bir son verip barış sağlayabilecektir. Ancak Timuçin yolda dinlenmek için durdukları bir kabileden eşini seçer. Bu durum Merkitler ile yapılacak barışa engel olur. Geri dönerken düşmanları tarafından zehirlenen Esugei ölür ve dokuz yaşındaki Timuçin kabilenin başına geçer. Timuçin ve ailesi geniş bozkırlarda göçebe hayatı yaşarlar, avlanarak yaşamlarını sürdürürler.
Kabilenin yeni kağanı olan Targutai, ileride kabilenin kağanı olacak Timuçin’i öldürmek ister. Ancak Moğol halkının kurallarına göre bir çocuk asla öldürülmez. Bunun için Targutai onu esir alır ve öldürmek için büyümesini bekler. Targutai’nın esaretinden kurtulan Timuçin babasının intikamını almak ve Borthe ile evlenmek için geniş Moğol bozkırlarında, gökyüzünün hakimi Büyük Tanrı Tengri’ye sığınarak hayatta kalmayı başarır. Zar zor hayatta kalan Timuçin gelecekte kabilesinin kağanı olacak kan kardeşi Jamuhka ile tanışır. Timuçin sevdiği kadın Borthe’ye kavuşur ama Merkit’ler intikam almak için Borthe’yi kaçırır. Timuçin kan kardeşi Jamuhka’nın yardımını ister. İkisi birlikte Merkit boyuna bir baskın düzenler ve Borthe’yi geri alırlar. Jamuhka’nın adamları Timuçin’in yaklaşımından ve adaletinden çok etkilenirler böylece kendi kağanlarını bırakıp, güçlü savaşçı Timuçin’e katılırlar. Her ne kadar iki kan kardeş birbirine sonsuz saygı duysa da, her ikisi de çekişen kaderlerinden dolayı bir gün karşı karşıya geleceğini bilir.
Timuçin’in daha da güçlenmesinden korkan Targutai ve Jamuhka ortak düşmanlarına karşı güçlerini birleştirir. Kalabalık düşmanları karşısında galibiyet şansı olmayan Timuçin karısıyla birlikte kabilesindeki kadın ve çocukları dağlara güvenli bir yere gönderir ve akıllıca bir savaş taktiği hazırlar. Ancak kuvvet ve sayıca üstün olan düşmanlarına karşı galibiyet alamaz ve esir düşer. Uzak bir yerde olan Tangut Krallığı’na köle olarak satılır. Bir yıl sonra Borthe güvenli dağlardan inerek eşini tutsaklıktan kurtarır. Artık eşi ve çocukları ile bir araya gelen Timuçin’in tek arzusu,herkesin uyması gereken kurallar koyarak tüm Moğolları bir araya getirmektir. Ancak bu yolda tek bir engel vardır: Kan kardeşi olan Jamuhka’nın ordusundan daha büyük bir ordu kurup onunla karşı karşıya gelmelidir. Bu son savaşta, kurnaz stratejisi, sadık savaşçıları ve yürekten sığınıp, inandığı Büyük Tengri’nin yardımlarıyla önemli bir zafer elde eder.
Tüm dünyada Cengiz Han olarak bilinen bu büyük hükümdar dünyanın yarısını ele geçirecektir.
